樓層分布
1层
1樓入口
博物館入口。
入口大廳
設有綜合諮詢處、開放式咖啡廳等設施。館外有散步道、蓮花池、涼亭、茶室，訪客可從這些地方眺望一大片垂櫻。
博物館多功能廳
博物館在此舉辦講座、音樂會等各種活動，亦開放對外租借服務（付費）。
免震裝置
博物館1樓和2樓之間設有免震裝置。地震時，巨大的免震裝置將有效減緩地震晃動的速度，將危害降至最低。
2层
研究策展區
博物館職員日常工作的區域，關於博物館的新想法和靈感皆在此誕生。
文物庫房
位於博物館建築的正中央，重要的文化財皆保管於此。
保存修復設施
設有六個修復設施，以「博物館特別參觀之旅」的方式提供一般訪客參觀。
3层
特展廳
展廳面積約為1,500m²、高7m，以原木色為基調，由「大、中、小」三個展廳組成。
4层
